BigMig, jak se Indurainovi pro jeho výšku přezdívalo, pochází z předměstí Pamplony, malé vesnice Villava. Pocházel z rodiny zemědělce, měl tři sestry a bratra, který byl také profesionálním cyklistou. Jako dítě zkoušel všechny možné sporty, hrál fotbal, basketbal, házel oštěpem, ale nakonec se zamiloval do kola. Aktivně začal závodit až ve 14 letech a již v osmnácti se stal historicky nejmladším amatérským mistrem Španělska.
V roce 1984 se ve svých dvaceti letech ukázal se španělským týmem v Československu na Závodě Míru, který dokončil na 70. místě. Zúčastnil se Olympijských her v Los Angeles a poté podepsal profesionální smlouvu v týmu Reynolds, později Banesto, ve kterém strávil celou svou kariéru. Hned v roce 1985 jel svou první Grand Tour, a to španělskou Vueltu. Parádně zajel úvodní prolog a po druhé etapě se oblékl do dresu vedoucího závodníka, v té době byl historicky nejmladším lídrem. Ten rok se postavil i na start Tour de France, na které startoval nepřetržitě i v dalších jedenácti letech. V příštích letech pracoval a učil se od lídra týmu Reynolds Pedra Delgada, kterému pomohl v roce 1988 k vítězství na Tour a v roce 1985 a 1989 k vítězství na Vueltě. V roce 1989 se obětoval pro Delgada, který měl velkou krizi a nemohl vyhrát, a sám ztratil mnoho času a přišel o několik míst v celkovém pořadí a skončil až desátý. V tomto roce vyhrál Big Mig horskou etapu na Cauterets a oblékl se do puntíkatého dresu, který už nikdy v kariéře na Tour neoblékl.
V roce 1991 byl nejblíže k vítězství na španělské Vueltě, kterou nikdy nedokázal ke smutku domácích fanoušku vyhrát. Nestačil pouze na krajana Melchora Mauriho z týmu ONCE. Tuto Vueltu ztratil překvapivě v časovkách, které se jely v tomto ročníku čtyři, a ve všech ho porazil právě Mauri. Na Tour již vyrážel jako spolulídr Banesta s Delgadem. Byl skvělý časovkář, ale moc se mu nevěřilo, že díky své mohutné postavě přejede velké hory s nejlepšími. Až do dvanácté etapy vedl obhájce vítězství Greg Lemond, ale v etapě na Tourmalet ztratil na Induraina sedm minut a Španěl se oblékl do „maillot jaune“ a do Paříže ho již nikomu nepůjčil. V tomto roce si ještě dojel pro bronzovou medaili na Mistrovství světa v německém Stuttgartu, kde prohrál těsně ve sprintu s Bugnem a Rooksem.
V roce 1992 se již zapsal mezi legendy, když se mu povedlo vyhrát Giro i Tour v jednom roce. Na obou etapácích skončil na druhém místě Chiappucci. Tento italský jezdec poztrácel příliš mnoho času v jízdě proti chronometru a nedokázal na Induraina dostatek času najet v kopcích, kde jezdil Španěl defenzivně, ale zároveň efektivně. V té době bylo obvyklé jezdit padesáti, šedesáti kilometrové časovky a Indurain je vyhrával s mnohaminutovým náskokem na své největší soupeře. V deváté etapě, kterou byla časovka v Lucemburku, dokázal před cílem dojet bývalého vítěze Tour a dobrého časovkáře Fignona, který startoval šest minut před ním! Vyhrát v jednom roce Giro i Tour je v dnešní době něco nepředstavitelného a Indurain to dokázal dva roky po sobě, což se v historii před ním, ani po něm, nikomu nepovedlo (a troufám si tvrdit, že už ani nikdy nikomu nepovede). Navíc se mu to v roce 1994 skoro povedlo potřetí. V roce 1993 si dojel na Mistrovství světa pro stříbrnou medaili, když nestačil v propršeném závodě v norském Oslu pouze na nečekaného vítěze, mladičkého Lance Armstronga.
V roce 1995 již Giro vynechal a po výhře na Critérium du Dauphiné vyhrál Tour de France popáté za sebou. Tím se přidal k Anquetilovi, Merckxovi a Hinaultovi, ale na rozdíl od nich to dokázal v pěti letech bez přerušení. Tento rok zakončil navíc ziskem titulu mistra světa v časovce a stříbrem v závodě jednotlivců za týmovým kolegou Olanem na světovém šampionátu v kolumbijské Duitamě.
V roce 1996 se čekalo po obhajobě na Critérium du Dauphiné, že vstoupí do historie šestým titulem ze staré dámy, ale v jedné propršené a promrzlé etapě nastydl a jako chronický bronchitik nedokázal bojovat s nejlepšími a nakonec dojel mimo elitní desítku na jedenáctém místě. Na Olympiádě v Atlantě, kde poprvé závodili profesionálové, získal zlato v časovce jednotlivců. Na naléhání týmu nastoupil v tomto roce na start Vuelty. Ve třinácté etapě, kde nestačil tempu nejlepších, ale slezl z kola a bylo to vlastně naposledy, kdy měl na zádech jako profesionál závodní číslo. Takhle si svůj závodnický odchod do důchodu nepředstavoval.
Miguel Indurain vyhrál (oficiálně) jako jediný pětkrát Tour de France v jedné řadě, dvakrát Giro d´Italia, dvakrát Paris Nice, dvakrát Critérium du Dauphiné. Je mistrem světa a olympijským šampionem v časovce. Má dvě stříbrné a jednu bronzovou z MS v silničním závodě. Byl rekordmanem v hodinovce na dráze výkonem 53,040 km. Byl známý svými mimořádnými fyzickými předpoklady: měl kapacitu plic osm litrů (normální člověk okolo pěti až šesti litrů) a jeho srdce dokázalo přečerpat padesát litrů krve za minutu (průměr je okolo pětadvaceti). Jeho klidový tep byl 28-30 za minutu. Zároveň však byl handicapován alergií na pyl, která mu způsobila astma.
